正式なコメント
回答が遅くなり申し訳ありません。
設定の変更は、集計ルール設定画面から行えます。
集計ルール設定画面へは、以下の順にタッチして移動します。
「管理 > メニュー > メンバー種別・集計ルール
> （設定したいメンバー種別） > 集計ルール」
休憩時間の件につきましては、ご連絡いただいたルールでは、
昼休みと中休みの休憩時間帯を設定する方法が考えられます。
たとえば、12:00-13:00と18:00-18:15を休憩とする等です。
この例では、以下の手順で設定します。
1. 集計ルール設定画面を開く
2. 「休憩」を開く
3. 「休憩の自動処理：時間帯」を選択する
4. 「時間帯１：12:00-13:00」「時間帯２：18:00-18:15」を指定する
休憩の集計ルールにつきましては、
以下のブログ記事でも詳しく解説しておりますので、
よろしければご覧ください。
【集計ルール設定：休憩】休憩時間の自動計算（時間帯／時間数に基づく計算）
https://www.tablet-time-recorder.net/blog/conf_calc/2090
残業を、早出、通常残業、深夜残業に分けて集計するには、
「残業（早出）」「残業（早出以外）」「深夜残業」
を利用するよう設定します。これらの項目を利用すると、
詳細画面でそれぞれが別の項目として集計されるようになります。
「残業（早出）」「残業（早出以外）」を利用するには、
所定の指定方法が「時間帯」、残業の定義が「所定外の勤務」
になっている必要があります。
もし、そのようになっていない場合は、以下の手順で設定をお願いします。
● 所定の指定方法を「時間帯」にする
1. 集計ルール設定画面を開く
2. 「所定」を開く
3. 「所定勤務の指定方法：時間帯」を選択する
4. 「始業時刻」「終業時刻」を入力する
● 残業の定義を「所定外の勤務」にする
1. 集計ルール設定画面を開く
2. 「残業」を開く
3. 「残業の定義：所定外の勤務」を選択する
「残業（早出）」「残業（早出以外）」を利用するには、
以下の手順で設定します。
1. 集計ルール設定画面を開く
2. 「時間数 > 詳細設定」を開く
3. 「残業（早出）：利用する」をオンにする
4. 「残業（早出以外）：利用する」をオンにする
「深夜残業」を利用するには、以下の手順で設定します。
1. 集計ルール設定画面を開く
2. 「詳細設定：深夜残業を利用する」をオンにする
なお、この設定をした場合、
「休出深夜」は「休出」に含まれずに集計され、
「深夜」は「普通」に含まれずに集計されることにご留意下さい。